1.GROMACSGROMACS安装流程
2.Windows用Visual Studio 2022编译支持CUDA12的源码gromacs 2024.2教程
3.å¦ä½å¨Ubuntuä¸å®è£
lammpsåï¼
4.vasp6.3.0 cpu/gpu 安装教程
5.å¦ä½å¨MacBookä¸å®è£
gromacs
6.LAMMPSLAMMPS编译安装
GROMACSGROMACS安装流程
本文详细介绍了GROMACS的安装流程,包括解压缩源码包、解析编译特定组件以及设置环境变量等步骤。源码以下是解析安装GROMACS的详细步骤: 1. 解压缩fftw,lam-mpi和gromacs源码包: 解压缩fftw源码包:使用命令`tar -zxvf fftw-3.1.2.tar.gz`执行解压操作。源码 解压缩gromacs源码包:使用命令`tar –zxvf gromacs-3.3.1.tar.gz`进行解压。解析源码获取器 解压缩lam-mpi源码包:使用命令`tar -zxvf lam-7.1.3.tar.gz`完成解压。源码 2. 编译lam-mpi: 切换到lam-7.1.3目录:使用`cd lam-7.1.3`进行切换。解析 配置编译选项:执行`./configure --prefix=/home/lam-7.1.3 --without-fc --with-rsh="ssh-x"`,源码注意可以省去`--without-fc`以编译mpif。解析 编译和安装:运行`make`进行编译,源码随后使用`make install`进行安装。解析 3. 设置MPI环境变量: 添加路径变量:在`.bashrc`文件中追加`export PATH=$PATH:/home/lam-7.1.3/bin`。源码 4. 编译fftw的解析单双精度版本: 切换到fftw-3.1.2目录:使用`cd fftw-3.1.2`进行切换。 配置编译选项:执行`./configure --enable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2`进行配置。源码 编译并安装:运行`make`进行编译,android 4.2.2源码下载之后使用`make install`进行安装,最后执行`make distclean`清理编译残留。 编译fftw的单精度版本:执行`./configure --disable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2`进行配置。 5. 设置fftw环境变量: 设置编译器参数:执行`export CPPFLAGS=-I/home/fftw-3.1.2/include`和`export LDFLAGS=-L/home/fftw-3.1.2/lib`。 6. 编译gromacs: 切换到gromacs-3.3.1目录:使用`cd gromacs-3.3.1`进行切换。 配置编译选项:执行`./configure --prefix=/home/gromacs-3.3.1 --enable-mpi`进行配置。 编译并安装:运行`make`进行编译,之后使用`make install`进行安装,最后执行`make distclean`清理编译残留。 7. 设置gromacs环境变量: 添加路径变量:在`.bashrc`文件中追加`export PATH=$PATH:/home/gromacs-3.3.1/bin`。 8. 附加步骤:编译gromacs源包中的其他文件(可选):执行`make contrib`进行编译。 更新:对于gromacs-4.0、fftw-3.2.1和lam7.1.4,安装流程与上述方法完全相同,只需更换相应的yy刷屏器源码目录即可。扩展资料
GROMACS is a versatile package to perform molecular dynamics, i.e. simulate the Newtonian equations of motion for systems with hundreds to millions of particles.[1]Windows用Visual Studio 编译支持CUDA的gromacs .2教程
为了在 Windows 上使用 Visual Studio 编译 Gromacs .2 版本支持 CUDA,您需要遵循以下步骤。
首先,安装 Visual Studio ,无论是企业版、专业版还是社区版均可,确保在安装时选择使用 C++ 的桌面开发组件。
其次,下载并安装 CUDA ,从官方 CUDA Toolkit Archive 获取。
接着,下载并安装 FFTW3.3.,从 fftw.org 下载相应的库。
打开命令提示符,解压 FFTW3.3. 的php经典实例源码源码,并在目录中建立 build 文件夹。
进入 build 文件夹,然后在命令提示符中执行编译安装命令。
修改 CUDA 头文件中的 host_config.h,定位到大约第 行,将版本号从 改为 ,确保编译过程顺利。
下载 Gromacs .2 的编译源码,从提供的链接获取。
下载完成后,解压缩源码,进入 build 目录,执行 cmake 命令进行配置。
在 cmake 配置时,选择合适的网站源码绑定域名 GMX_CUDA_TARGET_SM 参数,根据您的显卡选择 sm_, sm_, sm_, sm_, sm_, sm_, sm_, sm_, sm_, sm_, sm_ 中的一个,我以 sm_ 为例,即 -DGMX_CUDA_TARGET_SM=。
编译时可能会遇到错误,如 nvcc fatal 错误或 CMake 错误。解决这类问题需要耐心,确保按照配置正确地执行编译过程。
如果需要比较修改的代码,可以使用 Beyond_Compare 工具进行代码对比,下载地址为提供的链接。
å¦ä½å¨Ubuntuä¸å®è£ lammpsåï¼
ç¼è¯å®è£ éè¦ä½ æåºæ¬çlinuxæä½åºç¡ãè¦ä¸å°±æ¯è¾é¾æäºã
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3. ç¼è¯ æ§è¡makeå½ä»¤ å¯ä»¥å»äºè§£ä¸ä¸gccçç¨æ³ã
4.å®è£ æ§è¡make installå½ä»¤
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以ä¸éè¦rootæéã
-å®è£ fftw
ãã1ä¸è½½æºç å fftw-2.1.5.tar.gzï¼è§£å tar xvzf fftw-2.1.5.tar.gz
ãã2 cd fftw-2.1.5.
ãã3 ./configure --prefix=/opt/mathlib/fftw-gnu --enable-float
ããå ¶å®é项:
ãã4 make
ãã5 make install
ããäºå®è£ mpich
ãã1ä¸è½½mpich.tar.gz
ãã2 cd mpich-1.2.7
**ãã3 ./configure --prefix=/opt/mpich-gnu
ãã4 make
ãã5 make install
ããä¸ãç¼è¾/etc/hosts.equivæ件ï¼å¨å ¶ä¸å å ¥æ¬æºä¸»æºåï¼ç¨hostnameå¯ä»¥å¾å°ï¼ï¼åç¬ä¸è¡ï¼
ããåä¸æ¥é½å¨rootä¸è¿è¡ã
ããä¸é¢çæ¥éª¤é½å¨èªå·±çç¨æ·ä¸è¿è¡
ããåãå®è£ lammps
ãã1 tar xvzf lammps.tar.gz
ãã2 cd lammps
**ãã3 cd src
ãã4 vim MAKE/Makefile.g++
ããä¿®æ¹mpichçå®è£ è·¯å¾
ããä¿®æ¹fftwçå®è£ è·¯å¾
ããï¼æ¯ä¸ªé½æ两å¤ï¼includeåé¢ålibåé¢çé¨åï¼
ãã# g++ = RedHat Linux box, g++, MPICH2, FFTW
ããSHELL = /bin/sh
ãã# System-specific settings
ããCC = g++
ããCCFLAGS = -g -O -DFFT_FFTW -DLAMMPS_GZIP -
ããDMPICH_IGNORE_CXX_SEEK -I/opt/mathlib/fftw-gnu/include -I/opt/mpich-
ããgnu/include
ããDEPFLAGS = -M
ããLINK = g++ -L/opt/mathlib/fftw-gnu/lib -L/opt/mpich-
ããgnu/lib
ããLINKFLAGS = -g -O
ããUSRLIB = -lfftw -lmpich
ããSYSLIB = -lpthread
ããARCHIVE = ar
ããARFLAGS = -rc
ããSIZE = size
ãã# Link target
ãã$(EXE): $(OBJ)
ãã$(LINK) $(LINKFLAGS) $(OBJ) $(USRLIB) $(SYSLIB) -o $(EXE)
ãã$(SIZE) $(EXE)
ãã# Library target
ããlib: $(OBJ)
ãã$(ARCHIVE) $(ARFLAGS) $(EXE) $(OBJ)
ãã# Compilation rules
ãã%.o:%.cpp
ãã$(CC) $(CCFLAGS) -c $<
ãã%.d:%.cpp
ãã$(CC) $(CCFLAGS) $(DEPFLAGS) $< > $@
ãã# Individual dependencies
ããDEPENDS = $(OBJ:.o=.d)
ããinclude $(DEPENDS)
ãã5 make g++ (å¨srcç®å½ä¸)
ããçælmp_g++
ããåãè¿è¡lammps
ãã1 cd ../bench
ãã2 /opt/mpich-gnu/bin/mpirun -np ../src/lmp_g++ <in.chain
vasp6.3.0 cpu/gpu 安装教程
本文主要介绍了在CPU和GPU上安装VASP 6.3.0的详细步骤,包括使用spack管理和源码包的部署。首先,从百度网盘下载合适的源码包,建议将其放置在公共目录或用户的家目录,然后通过tar命令解压。
接下来,配置环境变量,确保Python3和必要的工具如git、patch已安装,同时添加基础编译器如gcc和gfortran。运行spack --version检查spack版本并配置编译器。在~/.spack目录下,创建config.yaml和modules.yaml文件,自定义软件安装位置、目录规范和加速编译设置,如禁用SSL验证和校验。
在spack中添加本地源码包仓库,并配置bootstrap库以提高离线可用性。然后,查看spack收录的软件列表,根据机器类型(AMD和Intel)选择合适的依赖包,如MPI、数学库和FFTW等。对于AMD机器,推荐使用GNU库和mpich,而Intel机器则使用Intel SDK和nvhpc(仅GPU)。
针对不同的Vasp版本(如5.4.4和6.3.0),需要编辑makefile.include文件进行特定配置,如修改编译选项和库路径。最后,创建环境变量脚本(如vasp.sh),以简化后续使用。对于GPU机器,还要注意声明qd库以避免运行时错误。
此外,文章还提及了beef插件的编译和安装,以及phonopy和VASPkit的安装步骤,但需要注意的是,有些功能可能因版本兼容性问题而未进行详细测试。
å¦ä½å¨MacBookä¸å®è£ gromacs
MacBookä¸gromacså®è£ æµç¨ï¼
(1) 解å缩fftwï¼lam-mpiï¼gromacsæºç
tar -zxvf fftw-3.1.2.tar.gz
tar âzxvf gromacs-3.3.1.tar.gz
tar -zxvf lam-7.1.3.tar.gz
(2) ç¼è¯lam-mpi
cd lam-7.1.3 ./configure --prefix=/home/lam-7.1.3 --without-fc --with-rsh="ssh-x"
make
make install
注ï¼--without-fcæ¯ä¸ç¼è¯mpifï¼å¯ä»¥å»æ
(3) æ·»å mpiç¯å¢åé
export PATH=$PATH:/home/lam-7.1.3/bin ( append to .bashrc)
(4) ç¼è¯fftwåå精度ç
cd fftw-3.1.2
./configure --enable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2
make
make install
make distclean
./configure --disable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2
(3) 设置fftwç¯å¢åé
export CPPFLAGS=-I/home/fftw-3.1.2/include
export LDFLAGS=-L/home/fftw-3.1.2/lib
(4) ç¼è¯gromacs
cd gromacs-3.3.1
./configure --prefix=/home/gromacs-3.3.1 --enable-mpi
make
make install
make distclean
./configure --prefix=/home/gromacs-3.3.1 --program-suffix=_d --enable-mpi --disable-float
(5) 设置gromacsç¯å¢åé
export PATH=$PATH:/home/gromacs-3.3.1/bin ( append to .bashrc)
(6) ç¼è¯gromacsæºå éçå ¶å®æ件ï¼å¯éï¼
make contrib
LAMMPSLAMMPS编译安装
本文详细描述了在Linux环境下使用LAMMPS进行安装和编译的步骤。LAMMPS全称为Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator,是一个广泛使用的分子动力学模拟软件。
首先,切换到根目录并以root权限执行以下步骤:
1. 使用sudo命令以root权限登录。
2. 下载并解压fftw源码包。
3. 进入解压后的目录,配置并安装fftw。
4. 进行mpich的下载、配置、安装。
5. 编辑/etc/hosts.equiv文件,加入本机主机名。
以上步骤均需在root权限下操作。
随后,在自己的用户目录中执行以下步骤:
1. 下载并解压LAMMPS源码包。
2. 进入LAMMPS的源码目录。
3. 编辑MAKE/Makefile.g++文件,修改mpich和fftw的安装路径。
4. 在src目录下执行make g++命令,生成lmp_g++。
5. 进入bench目录,使用mpirun命令运行LAMMPS。
注意:上述步骤中,所有路径需替换为实际安装目录。
完成上述步骤后,LAMMPS已成功安装并可进行模拟运行。这一过程详细展示了LAMMPS的安装流程,并且提供了实际操作中可能遇到的配置细节,有助于用户顺利进行分子动力学模拟。