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1.拷贝数变异CNV的码分生物信息学分析（二）
2.如何在在MACOneNote中插入语法高亮的程序代码
3.学编程的哪门课程好就业？
4.ZYNQ+linux网口调试笔记（3）PL-ETH

拷贝数变异CNV的生物信息学分析（二）

       Control-FREEC是一种用于检测拷贝数变异和等位基因不平衡的生物信息学工具，最初由巴黎居里研究所生物信息学实验室开发。码分它适用于全基因组测序、码分全外显子测序和目标区域捕获测序。码分分析全基因组数据时，码分无需对照样本；而进行全外显子组或靶向测序时，码分源码不用for循环必须提供对照样本。码分Control-FREEC能够自动计算、码分归一化、码分片段拷贝数和等位基因频率（BAF），码分并根据这些信息呼叫拷贝数变异和等位基因丢失（LOH）。码分全基因组测序数据分析时，码分程序还可能利用GEM创建的码分映射性数据。CNA检测输入格式包括对齐的码分单端、成对或配对数据的码分SAM、BAM、SAMtools堆格式，且支持.gz压缩文件。CNA+LOH检测输入有两选项：提供SAMtools堆格式的对齐读取文件，文件可通过gzip压缩；或提供BAM文件与“makePileup”和“fastfile”选项，YYCHR源码用于识别增益、损失和LOH区域、归一化拷贝数和BAF。

       输出文件包括：扩增、缺失和LOH区域、归一化拷贝数和BAF文件。Control-FREEC提供了一系列使用指南，包括安装、测试数据、配置文件创建、输出文件阅读、R脚本计算预测显著性、输出可视化、格式转换以及生成GC含量概览等。软件包含三个子目录：data目录保存配置文件模板，包含WGS和WES模板；script目录包含常用脚本；src目录为软件源代码，其中freec可执行文件位于src目录下。

       为了使用Control-FREEC，需要下载并安装miniconda，hiqq源码然后在新建的conda环境中进行安装。在新建的freec文件目录中，有三个主要目录：data目录用于配置文件模板，scripts目录包含常用脚本，src目录包含源代码和freec可执行文件。在使用Control-FREEC之前，需要先安装R、samtools、bedtools和sambamba等软件，或通过conda安装。mappability跟踪文件可用于增加映射信息。此外，如果数据覆盖度高且希望检测等位基因状态，则需要下载SNP文件并将其转换为pileup格式。

       最后，下载示例数据集以进行测试。例如，可以从指定网址获取HCC和HCC-BL的数据，或获取用于测试LOH预测的recon源码未公开的肿瘤染色体数据。

如何在在MACOneNote中插入语法高亮的程序代码

       从很多计算机程序代码编辑器 IDE 中复制代码，然后粘贴到 OneNote 里，都会丢失掉代码语法高亮的颜色。

        

       珍宝菜单 Gem Menu for Mac OneNote 现提供对计算机程序代码进行语法高亮，然后再插入 Mac OneNote 里。

从 IDE 复制代码 

       下面我们举个例子。

       在 Mac OS 中，用 Idle 编写 Python 代码，可以看到 Python 代码语法是高亮的，有颜色的。  粘贴到 OneNote 里会丢失颜色 

       而当我们从 Idle复制 Command+C 代码，然后粘贴 Command+V 到 Mac OneNote 时，代码的高亮颜色会丢失。

       这样不便于我们阅读代码。  打开珍宝菜单的代码语法高亮功能 

       我们可以用珍宝菜单 Gem Menu for Mac OneNote 的代码高亮功能，来处理这些代码。 首先，从 IDE 中复制代码。 然后，Tlchat源码打开珍宝菜单的代码高亮。在珍宝菜单 Gem Menu for Mac OneNote 中，点击“插入”菜单 –》“代码高亮”菜单项。  粘贴代码，选择计算机程序语言源代码类型 

       在弹出的代码高亮窗口中，粘贴代码。

       然后，选取代码的类型、编辑样式。

       按确定，就会生成语法高亮的代码，并插入 OneNote 里。  插入的语法高亮了的代码 

       最后，我们看到语法高亮了的代码插入到 OneNote for Mac 的当前页面里。  代码高亮的选项 

       珍宝菜单 Gem Menu for Mac OneNote 现支持以下选项。

        

       代码语言（计算机程序语言代码类型）： ARM, ASP, Assembler, AutoHotKey, C and C++, C#, CSS, DOS Batch, HTML, INI, Java, Javascript, JSP, Make, Matlab, Microsoft PowerShell, Objective C, Pascal, Perl, PHP, Ruby, Python, PL/SQL, TeX and LaTeX, Transact-SQL, Visual Basic, XML, R, Swift 

       编辑样式（代码颜色配置样式）： Anjuta, Eclipse, Emacs, Flash, JEdit, Vim, Visual Studio, Xcode 

       字体：代码使用的字体。

       大小：代码字体的大小。

       底色：代码块使用的背景色。

       粗体：代码进行加粗显示。

       边框：是否使用边框把代码框起来。

       行号：给代码添加行号。演示

学编程的哪门课程好就业？

       你好，很高兴回答你的问题，首选java语言，这是目前使用最广泛的开发语言，有一定的挑战难度，其次就是php脚本语言，这是入门块，上手简单的语言。下面是学习的建议

1.首先打好基础是重中之重

       基础部分可能很枯燥，但是一定要耐心坚持下去。因为打基础好比是在造轮子造汽车，没有打好基础在后面的学习就好比走路，可以说后面遇到的百分之七八十的问题都是基础没学好造成的。

2、多看官方文档多读源码

       一定要看JDK相关类库、常用框架各种功能的源码，去了解其底层实现的原理。总的来说这个也是在打基础的部分，Java基础非常扎实才能看懂，在我们学习一个类的源码时，肯定会衍生出其他各种各样的问题，供我们来了解和学习，这也就是我们下一步学习的目标和方向。慢慢的，我们就会学习更多的知识，并积累更多的经验。

3、系统性学习，循序渐进

       不要急于求成，每个知识点都要看，并且每个知识点都要勤加练习。有的同学在学习过程中觉得这个知识点简单，就跳着学习，其实这是个很大的问题，知识点细节必须要了解。我们学习Java需要循序渐进，一步一步来，不能操之过急。

4）spring的版权被控制在vmware手里，其实spring的那一大堆东西，本质上是一个非标准的jee实现，比如在jee里面用的inject，在spring里面就是autowire，当然spring曾经深刻滴影响了jee，所以有些东西比如di标准，是spring影响下制定出来的，所以spring的做法会比较特例一点。

5）maven上的jars数量前两天突破万，其他语言的类库，排名第二的是npm，大概数量是maven的十分之一，也就是几十万，不知道现在突破万没有，然后是gem，也就是ruby那个，大概是十几万，下来是python的module，大概数量级是几万，没突破十万。

6）java的标准是由一个叫做jcp的组织制定的，所有标准需要经过jcp的执行委员会通过方可执行，jcp几乎包括了你所知道的绝大多数知名挨踢公司和组织，比如google，apple，ibm，intel，arm，red hat，twitter等，还有一些教育机构，比如我国的北京大学，阿里最近一次申请jcp执行委员会成员资格，似乎投票不通过，最近一次执行委员会新增两个成员是arm和jetbrains。

7）java早期被人认为慢，跟java坚持不用硬件加速渲染有关，死活就是不肯接入directx和opengl，7之后总算开窍，搞了一个图形引擎接入了directx／opengl。

8）casssandra是facebook做失败的项目，被贡献给了apache之后老树开花。

9）groovy被贡献给了apache，现在叫做apache groovy，ceylon被贡献给了eclipse，现在叫做eclipse ceylon。

）netflix现在是java shop，之前是用.net的。

       希望能帮到你，谢谢！

ZYNQ+linux网口调试笔记（3）PL-ETH

       åœ¨ZYNQ上使用gigE Vision协议的网络接口相机。

        第一步：调通PS侧网口GEM0（Xilinx BSP默认配好）。

        第二步：调通PS侧网口GEM1（见前一篇文档：开发笔记(1)）。

        第三步：调通PL侧网口（本文阐述）。

        第四步：在PL侧网口上验证Jumbo Frame特性，并在应用层适配gigE Vision协议。

        根据《xapp》可知，PL侧的PHY支持Base-X和SGMII两种配置，这两种配置对应两种不同的PHY引脚接口（连接到MAC）。而我们的hdf文件使用的是Base-X的配置。

        关于网口的Linux驱动，我们在官网找到一份资料： Xilinx Wiki - Zynq PL Ethernet 。资料很长，我们只看与我们相关的2.4.1 PL Ethernet BSP installation for Base-X”这一章节就可以了。

        首先导入FPGA设计同事提供的hdf文件：

        在弹出的图形界面里，进入Subsystem AUTO Hardware Settings——Ethernet Settings——Primary Ethernet，确认可以看到PL侧网络设备axi_ethernet_0，说明hdf文件里已包含了必要的网口硬件信息：

        上图中被选中的网口将成为Linux上的设备eth0。这里我们默认选择ps7_ethernet_0，即使用GEM0作为首选网口。

        启用Xilinx AXI Ethernet驱动

        进入Device Drivers -- Network device support – 选中Xilinx AXI Ethernet（以及Xilinx Ethernet GEM，这是PS侧网口的驱动）

        进入Networking support – 选中 Random ethaddr if unset

        进入Device Drivers -- Network device support -- PHY Device support and infrastructure – 启用Drivers for xilinx PHYs

        进入~~~~Device Drivers -- DMA Engine Support -– 禁用~~~~Xilinx AXI DMAS Engine~~~ （对应的配置项名为 ~~ CONFIG_XILINX_DMA ~~~）

        注意： Xilinx Wiki里对设备树节点的引用有误（&axi_ethernet），导致编译报错，应改为&axi_ethernet_0。

        注：PL-ETH驱动所在路径：<project>/build/tmp/work-shared/plnx_arm/kernel-source/drivers/net/ethernet/xilinx/xilinx_axienet_main.c和xilinx_axienet_mdio.c。对应的内核配置项为CONFIG_NET_VENDOR_XILINX和CONFIG_XILINX_AXI_EMAC。

        启用ethtool和tcpdump（调试用，非必须）：

        然后将生成的BOOT.BIN和image.ub拷贝到SD卡根目录下，将SD卡插入板子上，上电运行。

        上电后，使用ifconfig eth1查看网口信息，观察MAC地址与设置的一致，且ifconfig eth1 ..1. up没有报错。

        测试网络通路：ping PC是通的。说明网口工作正常。

        Linux下eth1（即PL-ETH）的MAC地址有误

        问题描述：

        开机打印：

        注意：

        MAC地址是错的，驱动里解析出的是GEM0的MAC地址。

        试验发现，即使在system-user.dtsi里不写local-mac-address，也照样解析出的是GEM0的MAC。

        而将system-user.dtsi里的local-mac-address改名为pl-mac-address，并将驱动里解析的字符串也对应更改为pl-mac-address，则可以正确解析出来：

        Passing MAC address to kernel via Device Tree Blob and U-Boot：

       /support/answers/.html

        U-Boot里的环境变量ethaddr会覆盖掉设备树里pl-eth的local-mac-addr字段，从而影响Linux启动后的网卡MAC地址；

        但U-Boot里的环境变量ipaddr不会对Linux启动后的配置产生任何影响。因为设备树里根本就没有关于IP地址的配置。

        phy-mode怎么会是sgmii？查了下官方的提供的BSP里，也是“sgmii”。说明这个没问题。具体原因不清楚。

        @TODO: 设备树里的中断号的顺序如何影响功能？

        为何读出来的IRQ号不对呢？这是因为这里读到的不是硬件的中断号，而是经过系统映射之后的软件IRQ number。两者不具有线性关系。

        关于中断号的疑问：

        Linux上的网口eth0、eth1的顺序，似乎是按照phy地址从小到大来排布的。

        Xilinx xapp-zynq-eth.pdf (v5.0) July ,

       /support/documentation/application_notes/xapp-zynq-eth.pdf

        Xilinx Wiki - Zynq PL Ethernet:

       /wiki/spaces/A/pages//Zynq+PL+Ethernet

        Xilinx Wiki - Linux Drivers:

       /wiki/spaces/A/pages//Linux+Drivers

        Xilinx Wiki - Linux Drivers - Macb Driver:

       /wiki/spaces/A/pages//Macb+Driver

        Xilinx Wiki - Zynq Ethernet Performance:

       /wiki/spaces/A/pages//Zynq+Ethernet+Performance

        查到关于Jumbo frame MTU的定义，当前值为，可否改大一些？

        驱动源码里关于jumbo frame的说明：

        设置MTU为，发现ping包最大长度只能设为ping ..1. -s

       https://lore.kernel.org/patchwork/patch//

        【完】