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时间:2024-12-24 07:10:02 编辑:微信自动群发 源码 来源:glpk源码

1.DeePMD-kit 安装小白入门教程
2.DeePMD教程曾晋哲:5分钟内完成DeePMD-kit的码安安装
3.lammps势函数训练软件:深度势能DeepMD-kit安装方法
4.5分钟内完成DeePMD-kit的安装(二)
5.deepmdkit安装

deepmdkit源码安装

DeePMD-kit 安装小白入门教程

       本文面向DeePMD-kit初学者,介绍安装流程与心得,码安为转型者或AI for Science领域入门者提供辅助。码安

       首先,码安确保使用Linux系统。码安Mac用户可利用Mac终端进行操作,码安源码精灵甪端操作过程流畅。码安

       DeePMD-kit提供了三种安装方式,码安本文聚焦于使用conda安装。码安推荐选择Miniconda版本,码安适合大多数需求。码安

       访问官网下载对应版本安装包。码安对于MacOS用户,码安选择MacOS安装包,码安使用终端进行安装。码安确保在安装过程中接受许可证条款,并选择或自定义安装位置。

       安装后,系统会自动调整环境变量。在.bashrc或.bash_profile文件中添加特定命令,无需额外操作。

       测试安装状态,输入命令查看conda版本,确认安装成功。

       DeePMD-kit支持CPU和GPU版本,sohealthy 014溯源码燕窝根据个人需求选择。在终端运行相应命令安装。

       若需指定版本,替换命令中的*号为版本号。例如,要安装2.1.1版本,相应命令为:

       GPU版本:

       CPU版本:

       安装过程中,可能会遇到问题。为解决这类问题,推荐访问DeePMD-kit官方文档或使用conda-forge channel,执行特定命令以优化安装流程。

       安装完成后,激活环境,命令行显示环境名称,如“base”变为“deepmd”,表明环境激活成功。

DeePMD教程曾晋哲:5分钟内完成DeePMD-kit的安装

       在DeePMD-kit的发展历程中,安装难题曾是新手们的噩梦。年,开发者通过一系列优化,将安装流程大大简化。首先,v1版本引入Python接口与C++接口的解耦,通过`pip`一键安装,学校小商店源码用户只需预先安装scikit-build和cmake,然后调用`dp -h`即可使用Python接口。然而,遇到PEP-的包隔离问题后,开发者通过trick解决了TensorFlow的查找问题,进一步提升了安装的便利性。

       对于C++接口的安装,conda的引入解决了权限问题。开发者利用Conda-build打包TensorFlow、DeePMD-kit和LAMMPS,用户只需安装Anaconda或Miniconda后,通过简单的命令即可调用。社区还实现了GitHub上的自动编译和提交到conda-forge,清华大学开源软件镜像站的镜像服务使得国内用户也能方便获取。

       对于离线环境,开发者提供了离线包和Docker镜像。constructor程序打包已编译好的conda程序,用户可以从GitHub的Releases页面下载。Docker镜像则为Docker用户提供了更便捷的部署方式。

       如今,DeePMD-kit的安装时间从数天缩短到5分钟,极大地提升了科研工作的效率。这一变化不仅为科研人员带来了便利,也推动了DP技术的星力9带源码全球普及和未来发展。

lammps势函数训练软件:深度势能DeepMD-kit安装方法

       欢迎来到lammps加油站,本文将深入浅出地为您介绍如何在Ubuntu系统中安装深度势能(DeepMD)的软件包DeepMD-kit。DeepMD是一种基于机器学习的方法,它可以帮助我们训练出自定义的势函数,解决传统方法中可能存在的势函数缺失问题。

       DeepMD-kit的安装提供了离线、conda和docker三种方式供选择,本文将重点介绍使用conda安装DeepMD-kit的过程。在开始之前,确保您的Ubuntu系统已经安装了conda。如果没有,可以通过访问conda官网或使用以下命令下载并安装:

       cd 到您选择的目录,并运行以下命令安装conda:

       一旦conda成功安装,打开.bashrc文件,并在其中添加如下环境变量(请将"sunny"替换为您的用户名):

       执行source命令以使环境变量生效,您可以通过运行以下命令测试conda的安装状态:

       如果返回了conda版本号,表示已成功安装conda,接下来可以进行DeepMD-kit的安装。DeepMD-kit提供了针对CPU和GPU的两个版本,您可以根据需求选择合适的版本进行安装。通过在控制台输入对应的命令,系统会自动下载并安装所需的支持软件包,整个过程可能需要一些时间,请耐心等待。java校验框架源码解析以下是CPU和GPU版本的安装命令:

       完成安装后,激活DeepMD环境,此时左侧的(base)将转变为(deepmd),表明您已经成功进入DeepMD环境,可以开始进行深度势能训练。

       希望本文的介绍能够帮助您成功安装DeepMD-kit,开启深度势能训练的旅程。感谢您的阅读,更多关于lammps加油站的内容,请关注公众号。

5分钟内完成DeePMD-kit的安装(二)

       在过去的两年里,DeePMD-kit的安装流程取得了显著的进展。本文旨在分享这些最新进展,并为其他科学计算软件的安装提供参考。首先,我们优化了pip安装LAMMPS接口及提供更多平台的轮子。

       依托Python社区打包工程的发展,如PEP-、PEP-、PEP-等规范的通过,以及setuptools、pip、wheel、build、auditwheel等工具的定位,DeePMD-kit在两年前已经采用scikit-build实现pip安装,并使用cibuildwheel构建轮子,并上传至pypi。然而,此前使用pip install deepmd-kit并非最佳实践,原因在于存在一些问题。

       为了提升安装的稳定性,DeePMD-kit的安装模块进行了全面重构。依据PEP-规范,构建自定义后端,确保在检测到未安装TensorFlow时,pip自动添加TensorFlow CPU版本作为构建依赖。同时,利用setuptools新特性,将setup.py中的元数据迁移到pyproject.toml。

       考虑到TensorFlow的C++库版本可能改变ABI,之前的轮子并未固定TensorFlow版本,导致安装后可能发现不兼容。在近期更新中,我们读取TensorFlow版本号,以此固定TensorFlow版本,确保与构建所用的TensorFlow版本一致。此外,我们新增了Linux aarch、macOS x-和Windows x-平台的轮子,并修复了其他平台的bug。同时,构建CUDA .8版本的GPU支持,当GPU不可用时回退至CPU版本。值得一提的是,由于CUDA 改进了兼容性,构建的包在CUDA .2版本下同样可用。此外,我们对每个平台只构建一个轮子,避免对每个Python版本进行构建,因为DeePMD-kit仅链接TensorFlow,不会影响二进制库。

       进一步,我们构建了LAMMPS的pypi轮子,作为DeePMD-kit的可选依赖,并通过entry points提供了CLI和plugin的入口。在加载plugin时,自动将DeePMD-kit的plugin加载到LD_LIBRARY_PATH等环境变量中。同时,_pywrap_tensorflow_internal.so文件暴露了C++接口,因此我们构建了C++库和LAMMPS plugin,使得LAMMPS支持plugin模式和从环境变量读取plugin列表。

       最新版本2.2.0b中的pip安装命令已全面更新,Linux轮子需要GLIBC 2.或以上版本,因为TensorFlow已切换至_GLIBCXX_USE_CXX_ABI=1。然而,当前的manylinux镜像(如CentOS 7)的编译器不支持_GLIBCXX_USE_CXX_ABI=1,需要采用其他方法解决。在macOS方面,GitHub Actions计划于今年Q3提供Apple M1机器,macOS arm的轮子届时将可以构建。

       在conda安装方面,libdeepmd和LAMMPS成功解耦,不再存在依赖关系。然而,当两者同时安装并在conda环境中激活时,LAMMPS plugin的环境变量加载,LAMMPS也能加载DeePMD-kit的plugin。conda-forge社区已经全面支持macOS x-和arm平台,并加快了TensorFlow的构建速度,支持最新版本的macOS x-和arm的Python库和C++库。LAMMPS也支持plugin包,并已添加macOS arm支持。因此,conda-forge的DeePMD-kit与LAMMPS解耦,全面支持macOS平台。

       考虑到C++接口在不同编译环境下的ABI差异,DeePMD-kit推出了C接口,不包含任何依赖,并提供一个C++实现的头文件,以便与原来的C++接口实现无缝迁移。通过GitHub Actions打包和分发Linux环境下、支持CUDA 的libdeepmd_c.tar.gz,用户可以直接下载并解压后,与AMBER程序进行集成,大大节省了安装时间。

       总之,DeePMD-kit在安装流程上的优化和新功能的引入,不仅提升了软件的稳定性和兼容性,还为用户提供了更简便的安装体验。这些改进不仅适用于DeePMD-kit自身,也为其他科学计算软件的安装提供了有益的参考。

deepmdkit安装

       官方提供了多种安装deepmdkit的方法,包括离线安装、通过conda以及Docker。由于conda允许直接创建虚拟环境,它在推荐的安装方式中占据一席之地。

       对于CPU版本的安装,通常较为顺利,因为不会涉及到CUDA相关的复杂性。然而,如果需要GPU版本并且机器之前安装过其他deepmdkit版本,且是CPU机器,可能会遇到版本冲突的挑战。

       在处理这类问题时,我发现了一个解决方案,即使用环境变量override。最初对此概念不太理解,但现在有了深入的认识,所以决定记录下来。这个策略的原理是利用环境变量,使conda在检查或安装过程中,误识别当前环境满足cuda版本要求,从而避开冲突。具体的版本号应与deepmdkit内部嵌入的CUDA版本相匹配,而GLIBC通常要求为2.以上。

       实施步骤是首先确保你的TensorFlow版本支持GPU,然后进行安装。对于版本的安装,具体操作如下: