1.Ubuntu18.04下安装mpich2(HYDRA3.3a2)
2.LAMMPSLAMMPS编译安装
3.å¦ä½å¨Ubuntuä¸å®è£
lammpsåï¼
4.vasp6.3.0 cpu/gpu 安装教程
5.地表灾害动力过程数值模拟软件Massflow
6.Linux虚拟机安装、码优openmp与mpi并行环境配置
Ubuntu18.04下安装mpich2(HYDRA3.3a2)
Ubuntu.下安装mpich2,码优直接使用命令sudo apt install mpich即可简单完成。码优对于源码编译,码优未来有机会再深入探讨。码优安装mpich的码优后台管理源码目的是为了支持国产开源CFD软件OneFLOW所需的并行计算能力,确保跨平台环境搭建。码优
安装完毕后,码优通过mpicxx --version查看版本信息,码优发现自动调用的码优是g++9.2.1,其他版本类似也进行了相应测试。码优
mpirun命令提供更多信息,码优显示出版本为hydra3.3a2,码优表明是码优较新版本。尝试直接下载源码编译,码优结果与通过apt安装的版本相近。
使用源码示例程序运行时,遇到了找不到文件的困扰,影响了测试心情。对比c代码,发现无明显问题,开源码是什么意思暗示环境配置大致正确。
测试并行运行功能,使用mpirun -n 4 ./cpi命令,发现可以成功并行,输出结果稍显杂乱。深入研究cxxpi.cxx文件,发现定义了预定义宏,导致简单代码编译失败。
通过调整mpicxx命令,增加预定义宏DHAVE_CXX_IOSTREAM和DHAVE_NAMESPACE_STD,成功解决了c++部分的问题。最终,运行mpirun -n 8 ./cxxpi确保了复杂环境的通过。
Ubuntu.与gcc9.2.1下的mpich2环境安装成功,对于有兴趣的读者,可以借鉴这些经验应用到更为复杂的项目中。
LAMMPSLAMMPS编译安装
本文详细描述了在Linux环境下使用LAMMPS进行安装和编译的步骤。LAMMPS全称为Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator,是一个广泛使用的分子动力学模拟软件。
首先,一件代发源码切换到根目录并以root权限执行以下步骤:
1. 使用sudo命令以root权限登录。
2. 下载并解压fftw源码包。
3. 进入解压后的目录,配置并安装fftw。
4. 进行mpich的下载、配置、安装。
5. 编辑/etc/hosts.equiv文件,加入本机主机名。
以上步骤均需在root权限下操作。
随后,在自己的用户目录中执行以下步骤:
1. 下载并解压LAMMPS源码包。
2. 进入LAMMPS的源码目录。
3. 编辑MAKE/Makefile.g++文件,修改mpich和fftw的安装路径。
4. 在src目录下执行make g++命令,生成lmp_g++。
5. 进入bench目录,使用mpirun命令运行LAMMPS。
注意:上述步骤中,久草在线网站源码所有路径需替换为实际安装目录。
完成上述步骤后,LAMMPS已成功安装并可进行模拟运行。这一过程详细展示了LAMMPS的安装流程,并且提供了实际操作中可能遇到的配置细节,有助于用户顺利进行分子动力学模拟。
å¦ä½å¨Ubuntuä¸å®è£ lammpsåï¼
ç¼è¯å®è£ éè¦ä½ æåºæ¬çlinuxæä½åºç¡ãè¦ä¸å°±æ¯è¾é¾æäºã
æ»çæ¥è®²ï¼
1.解å åètarå½ä»¤ï¼æè å³é®éæ©è§£åã
2.ç¼è¯é ç½® ./configure åèæºä»£ç å®è£ 说æã
3. ç¼è¯ æ§è¡makeå½ä»¤ å¯ä»¥å»äºè§£ä¸ä¸gccçç¨æ³ã
4.å®è£ æ§è¡make installå½ä»¤
å ·ä½æ¥éª¤ï¼
以ä¸éè¦rootæéã
-å®è£ fftw
ãã1ä¸è½½æºç å fftw-2.1.5.tar.gzï¼è§£å tar xvzf fftw-2.1.5.tar.gz
ãã2 cd fftw-2.1.5.
ãã3 ./configure --prefix=/opt/mathlib/fftw-gnu --enable-float
ããå ¶å®é项:
ãã4 make
ãã5 make install
ããäºå®è£ mpich
ãã1ä¸è½½mpich.tar.gz
ãã2 cd mpich-1.2.7
**ãã3 ./configure --prefix=/opt/mpich-gnu
ãã4 make
ãã5 make install
ããä¸ãç¼è¾/etc/hosts.equivæ件ï¼å¨å ¶ä¸å å ¥æ¬æºä¸»æºåï¼ç¨hostnameå¯ä»¥å¾å°ï¼ï¼åç¬ä¸è¡ï¼
ããåä¸æ¥é½å¨rootä¸è¿è¡ã
ããä¸é¢çæ¥éª¤é½å¨èªå·±çç¨æ·ä¸è¿è¡
ããåãå®è£ lammps
ãã1 tar xvzf lammps.tar.gz
ãã2 cd lammps
**ãã3 cd src
ãã4 vim MAKE/Makefile.g++
ããä¿®æ¹mpichçå®è£ è·¯å¾
ããä¿®æ¹fftwçå®è£ è·¯å¾
ããï¼æ¯ä¸ªé½æ两å¤ï¼includeåé¢ålibåé¢çé¨åï¼
ãã# g++ = RedHat Linux box, g++, MPICH2, FFTW
ããSHELL = /bin/sh
ãã# System-specific settings
ããCC = g++
ããCCFLAGS = -g -O -DFFT_FFTW -DLAMMPS_GZIP -
ããDMPICH_IGNORE_CXX_SEEK -I/opt/mathlib/fftw-gnu/include -I/opt/mpich-
ããgnu/include
ããDEPFLAGS = -M
ããLINK = g++ -L/opt/mathlib/fftw-gnu/lib -L/opt/mpich-
ããgnu/lib
ããLINKFLAGS = -g -O
ããUSRLIB = -lfftw -lmpich
ããSYSLIB = -lpthread
ããARCHIVE = ar
ããARFLAGS = -rc
ããSIZE = size
ãã# Link target
ãã$(EXE): $(OBJ)
ãã$(LINK) $(LINKFLAGS) $(OBJ) $(USRLIB) $(SYSLIB) -o $(EXE)
ãã$(SIZE) $(EXE)
ãã# Library target
ããlib: $(OBJ)
ãã$(ARCHIVE) $(ARFLAGS) $(EXE) $(OBJ)
ãã# Compilation rules
ãã%.o:%.cpp
ãã$(CC) $(CCFLAGS) -c $<
ãã%.d:%.cpp
ãã$(CC) $(CCFLAGS) $(DEPFLAGS) $< > $@
ãã# Individual dependencies
ããDEPENDS = $(OBJ:.o=.d)
ããinclude $(DEPENDS)
ãã5 make g++ (å¨srcç®å½ä¸)
ããçælmp_g++
ããåãè¿è¡lammps
ãã1 cd ../bench
ãã2 /opt/mpich-gnu/bin/mpirun -np ../src/lmp_g++ <in.chain
vasp6.3.0 cpu/gpu 安装教程
本文主要介绍了在CPU和GPU上安装VASP 6.3.0的详细步骤,包括使用spack管理和源码包的部署。首先,从百度网盘下载合适的源码包,建议将其放置在公共目录或用户的家目录,然后通过tar命令解压。
接下来,配置环境变量,确保Python3和必要的工具如git、patch已安装,同时添加基础编译器如gcc和gfortran。运行spack --version检查spack版本并配置编译器。在~/.spack目录下,创建config.yaml和modules.yaml文件,彩虹QQ代刷网源码自定义软件安装位置、目录规范和加速编译设置,如禁用SSL验证和校验。
在spack中添加本地源码包仓库,并配置bootstrap库以提高离线可用性。然后,查看spack收录的软件列表,根据机器类型(AMD和Intel)选择合适的依赖包,如MPI、数学库和FFTW等。对于AMD机器,推荐使用GNU库和mpich,而Intel机器则使用Intel SDK和nvhpc(仅GPU)。
针对不同的Vasp版本(如5.4.4和6.3.0),需要编辑makefile.include文件进行特定配置,如修改编译选项和库路径。最后,创建环境变量脚本(如vasp.sh),以简化后续使用。对于GPU机器,还要注意声明qd库以避免运行时错误。
此外,文章还提及了beef插件的编译和安装,以及phonopy和VASPkit的安装步骤,但需要注意的是,有些功能可能因版本兼容性问题而未进行详细测试。
地表灾害动力过程数值模拟软件Massflow
软件介绍:Massflow是一款高效的地表动力过程模拟工具,专门用于模拟山体滑坡、泥石流、雪崩等灾害的动态演变过程,以及城市洪涝、水文调控、溃坝灾害等问题。此软件提供全面的风险评估、基础设施规划和应急救灾策略支持。
Massflow软件特色:它采用Maccormack-TVD有限差分计算算法,通过Fortran、C#等语言实现,并融合MPICH分布式并行与OpenMP共享内存并行计算,优化网格重划分方法,以确保快速、精确的地质灾害动力过程模拟。
软件特征:在集群并行模式下,Massflow能处理亿级计算网格,支持多核共享内存并行计算,自适应求解算法,提供一键执行命令流,并附带核心源代码,方便用户自主开发。
物理模型:软件支持Coulomb、Voellmy、Manning、Bingham等模型,以及用户自定义模型。
应用范围:软件适用于模拟多种地质灾害,进行灾害危险性定量风险评价,模拟山地灾害链,进行水文过程调控,为泥石流预测预报、风险评估、防治工程效果评估和主动减灾技术研发提供关键技术支持。
访问官网:massflow-software.com/,获取支持。
Linux虚拟机安装、openmp与mpi并行环境配置
使用VMware Workstation Pro安装Linux虚拟机。
前往VMware官网下载Workstation Pro的安装包。
双击运行安装,按照向导步骤点击下一步完成设置。
在体验设置中建议勾选安装相关选项并点击下一步。
设置快捷方式,完成安装步骤。
输入许可证码(如:YF-0HF8P-MRQ-2DXQE-M2UT6)。
虚拟机安装完成,通过桌面快捷方式启动。
下载Ubuntu镜像文件,利用清华大学开源软件镜像站加速。
在VMware中创建新的虚拟机,选择自定义设置。
安装配置中,选择“稍后安装操作系统”,并选择Linux系统。
填写虚拟机名称和配置内存大小(如4GB)。
设置网络、磁盘类型和大小,配置完成后,添加ISO映像文件。
开启虚拟机,安装过程包括选择键盘布局、操作系统安装模式、安装位置等。
安装过程中选择最小安装选项并输入必要信息。
等待安装完成,重启虚拟机。
Ubuntu安装完毕后即可使用。
在Linux环境配置并行环境。
打开终端,更新系统:运行sudo apt update。
安装C++语言和OpenMP相关软件包,执行sudo apt install build-essential命令。
验证OpenMP成功安装:输入gcc -v。
安装MPI环境,首先从MPICH网站下载源码包mpich-4.0.2.tar.gz,然后解压并配置安装路径:./configure -prefix=/home/lpf/mpi。
编译并安装MPI,使用sudo make安装。
配置环境变量,打开~/.bashrc,在文件末尾添加以下内容:
export MPI_ROOT=/home/lpf/mpi/mpi4
export PATH=$MPI_ROOT/bin:$PATH
export MANPATH=$MPI_ROOT/man:$MANPATH
验证环境变量配置,使用which命令。
检查并行环境配置,执行mpirun -np 4 ./cpi命令进行测试。
成功输出表示并行环境配置完成。