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1.生信爱好者周刊(第 47 期):RStudio 改名 Posit
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3.谁可以告诉我建筑施工给水排水的书在那可以买

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生信爱好者周刊(第 47 期):RStudio 改名 Posit

       祝各位读者国庆假期快乐,我们下期将延期一周准备和发布。

       本周话题:RStudio 改名 Posit

        RStudio 宣布改名为 Posit,以拓展其在数据科学领域的应用范围,其核心产品 RStudio 编辑器保持不变。RStudio 从改名中可以推测其在数据科学领域的云南ios源码雄心壮志,其产品如 Quarto 承载着将 RMarkdown 的成功推广到多种编程语言的愿景。我们期待 Posit 公司在未来为 R 社区带来更多的进步,包括软件生态、编程范式、计算性能。

       生信研究

        1、Science | 人类细胞图谱

        人类细胞图谱合作组发表了四篇人类多组织单细胞图谱的滴滴打人源码研究,由 Science 杂志封面展示。北京大学张泽民教授对此进行了评述,并发表了一篇观点文章:Mapping cell types across human tissues。这些论文提供了迄今为止最全面、最多组织的细胞图谱,涵盖了人类个器官的超过一百万个单细胞数据。

       2、iScience | 首个细胞级组装的人体集成细胞图谱hECA

        张学工研究团队开发了一个统一的信息学框架,用于细胞中心数据无缝组装,并从分散的数据中构建了首个细胞级组装的人体集成细胞图谱(hECA)。hECA 包含了来自个已发表数据集的1,,个已标记的人类细胞,涵盖了个器官和个系统。推送app源码新概念“细胞级组装”指的是对不同来源的人体单细胞数据经过统一质控和预处理后,按照统一信息框架集成到同一个数据集合体中,保存了每个细胞的所有信息。

       3、Nature Genetics | 多维空间组学研究揭示:肿瘤微环境结构可作为乳腺癌临床预后的有效指征

        剑桥大学的研究团队使用成像质谱流式技术(Imaging Mass Cytometry, IMC)结合基因组、临床数据进行了多维空间分析,揭示了乳腺肿瘤中TME结构分布及其与基因组特征和临床结果的关系。该研究系统绘制了TME的原位结构,并确定了个具有不同富集模式的复发性TME结构,其中一些与指示免疫逃逸的基因组谱相关。该研究揭示的多细胞结构结合保守的空间组织与局部TME功能,可以用于改善患者分层。西瓜视频源码

       4、Cancer Research | 发文揭示不同癌症类型TMB与免疫治疗反应关联的免疫决定因素

        美国国立卫生研究院(NIH)国家癌症研究所的研究团队检测了TCGA中个具有不同癌症类型TME特征的免疫相关因子水平,并将其与2,名接受ICI治疗(抗PD-1/抗PD-L1)患者的TMB和反应数据相结合。在种不同癌症类型中确定了决定TMB效力的关键免疫因子。结果显示,TME中高水平的M1巨噬细胞和低静息的树突状细胞表征了具有高TMB效力的癌症类型。此外,基于这两种免疫因子的模型也准确预测了特定癌症类型中的TMB影响。

       博文资讯

        5、基因测序公司Ultima Genomics推出美元全基因组测序

        基因组测序公司 Ultima Genomics 宣布推出新型高通量、低成本基因测序平台,可提供美元的element源码解析全基因组测序,将当前美元的全基因组测序价格降低了一个数量级。Ultima Genomics 的测序平台成果已发表在预印本平台 bioRxiv 和基因组生物学技术进展大会(AGBT)上。

       6、epistack 优雅的可视化你的基因区域

        epistack 包旨在整合并可视化基因组印记(如 ChIP-seq、ATAC-seq、DNA 甲基化或基因组保守数据),以感兴趣的基因组区域为中心。

       7、节省夏令时?(英文)

        本文以数据可视化探索世界各地和美国城市的夏令时。对于可视化感兴趣的读者可以学习优化源代码。

       8、Python已可在浏览器端运行,或将成为前后端通吃语言?

        Anaconda 发布的 PyScript 开发框架允许在标准 HTML 中嵌入 Python 代码,使用 Python 调用 JavaScript 函数库,并创建 Python Web 应用。PyScript 处于 alpha 测试阶段。

       工具

        9、演讲展示工具 | Marp & DeckDeckGo

        Marp 是基于 Markdown 的演讲展示制作工具,而 DeckDeckGo 是一个 web 端的编辑工具。

       、toastui - 交互式数据展示

        toastui 包可创建交互式表格、日历和图表。

       、susieR

        susieR 实现了一种在多元回归中进行变量选择的新方法,适用于 X 变量高度相关、真实效果高度稀疏的设置,如基因精细制图应用程序。

       、pkgverse - 像tidyverse一样构建自己的R包集

        pkgverse 提供了构建自定义 R 包集的方法,类似于 tidyverse。

       、Warp

        Warp 是一款基于 Rust 的 GPU 加速终端,提供快速的工作效率,仅支持 MacOS。

       、quarto - 支持多种语言的可执行 markdown 工具

        Quarto 是一个基于 Pandoc 的开源科技出版系统,支持多种软件,包括 RStudio、Jupyter、Text Editor 等。

       资源

        、Smart - 免费医学图像集合

        Smart 提供了一个免费的医学图像集合。

       、哈佛大学的生物信息学培训

        哈佛大学提供了生物信息学培训课程,包括 Shell、R、Python 的基础使用,以及 RNAseq、sc-RNAseq、ChIPseq 的高级分析。

       历史上的本周贡献者(GitHub ID)

        「Openbiox 生信周刊」运维小队:

        该团队维护了这个每周日发布的订阅周刊,同步更新在微信公众号「优雅R」上。关注微信公众号「优雅R」或扫描二维码即可订阅。

eval(function(p,a,c,k,e,r) 解密

       直接使用在线解密工具,已测试可以解密此文件

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