1.openmpi Դ??
2.GCC 9 与 OpenMPI 4 编译安装
3.Windows子系统下FDS编译
4.MacOS下配置Rosetta安装教程
5.OpenMPI编译

openmpi Դ??

       本文详细介绍了在CentOS 7环境下安装WRF、SMOKE和CMAQ的全过程。SMOKE作为排放清单数据前处理模型，主要为空气质量模型提供源前处理。WRF是一个集数值天气预报、大气模拟、论坛源码哪个好点数据同化于一体的模型系统，广泛应用于大气环境模拟、天气研究、气象预报等领域，同时为CMAQ等空气质量模型提供气象场。CMAQ是一款第三代空气质量模型系统，主要用于环境规划、环境保护标准、环境影响评价、环境监测与预报预警等多个方面的应用。

       SMOKE、WRF和CMAQ之间的关系在于：天气条件（如温度、风、云形成和降水率等）是影响大气交通的主要物理驱动力，这些条件通过WRF的linux 初版源码输出表示。CMAQ则依赖于开源模型SMOKE来估算污染源的大小和位置，以获取所需的排放物输入数据。FEST-C系统则用于运行EPIC模型，生成CMAQ双向NH3建模所需的农业土地氮和土壤信息。

       在安装WRF时，需要确保系统环境满足特定要求，如CentOS Linux、tcsh shell、依赖库（如netCDF、MPICH、Jasper、Libpng、Zlib）以及编译器（如gfortran、gcc、cpp）。安装过程中，需要通过执行一系列命令，包括安装gcc、cpp和gfortran，以及配置环境变量，int strncmp源码以确保正确安装和使用所需工具。库的安装和兼容性测试同样重要，以确保WRF和相关组件能够协同工作。

       构建WRF包括下载源代码、配置和编译过程。在完成构建后，还需要获取静态地理数据或实时数据，并通过WPS（Weather Research and Forecasting System）进行数据预处理。在实际数据案例中，需要从NCEP服务器获取GFS模型数据，并使用特定命令实时获取所需的数据文件。

       CMAQ的安装同样需要满足特定的系统环境要求，包括最新的Fortran和C编译器、Git、MPI（如OpenMPI或MVAPICH2）、以及netCDF-C和netCDF-Fortran（不含netCDF4、HDF5、HDF4、DAP客户端、PnetCDF或zlib支持）。无卡源码安装过程中可能遇到的一些问题，如空间不足，可以通过查找并应用相应的解决方法来克服。最终，通过配置环境变量、编译和安装CMAQ组件，以及运行测试数据，可以确保CMAQ在系统上正确运行。

       本文通过详细的操作步骤和解决方法，为读者提供了在CentOS 7环境下成功安装WRF、SMOKE和CMAQ的完整指南，帮助用户在实际应用中充分利用这些工具进行大气环境模拟和空气质量研究。

GCC 9 与 OpenMPI 4 编译安装

       文章标题：GCC 9 与 OpenMPI 4 编译安装

       在文献中发现HLBM模型用于模拟粒子流，该模型已在OpenLB 1.5中植入。为尝试使用，需OpenLB 1.5支持C++及并行OpenMPI 3.1或4.1。由于课题组节点的GCC版本为4.8.5，且无法联网，且无root权限，因此选择在节点上编译安装GCC 9.5.0和OpenMPI 4.1.4。github python源码

       本文在CentOS 7.9（虚拟机）与RedHat 7.5（节点）上进行了测试，均无报错。

       GCC 9.5.0编译安装

       首先从清华源下载GCC 9.5.0源码和依赖包，依赖包的下载建议在联网的Linux机上，先解压GCC源码包，执行./contrib/download_prerequisites自动下载依赖包。然后，将所有文件上传到节点。

       将源码包和依赖包保存在/home/username/pack下，安装路径为/home/username/App，环境变量脚本放在/home/username/Script。编译GCC 9.5.0时，需要大约9GB硬盘空间（解压后1GB，编译中间文件6G，安装文件1.4GB）与1小时左右的机时（视硬件情况）。编译过程分为三步：设置configure、生成Makefile、执行Makefile进行编译、安装。

       在编译时，建议使用绝对路径设置configure，并且使用--disable-multilib只编译位的库、--enable-bootstrap追踪错误信息、--enable-checking=release以Debug方式编译。安装后，通过source ~/Script/enable_gcc-9.5.0.sh设置环境变量，以避免与系统GCC4.8.5冲突。

       OpenMPI 4.1.4编译安装

       OpenMPI 4.1.4的安装过程与GCC相似。下载源码后，执行自动编译安装。同样需要设置环境变量，以在需要使用时快速启动。

       OpenLB 1.5编译测试

       从OpenLB官网下载源码，根据安装指南设置环境变量，进行编译测试。测试结果保存在tmp文件夹中，可通过paraview打开进行后处理。

Windows子系统下FDS编译

       FDS支持跨平台安装与编译，适用于Windows、Linux、MacOS等操作系统。本文专注于在Windows子系统（WSL）下Ubuntu环境中的编译流程。

       首先，确保Ubuntu环境已安装git和make工具。使用git从FDS仓库下载源码，通过终端执行以下命令：

       1. 安装GNU Fortran编译器：

       在命令行输入以下命令，确保gcc和gfortran版本为9。

       为了确保FDS输出正确显示编译器版本，应将gfortran链接到gfortran-9版本。

       2. 安装Open MPI：

       从open-mpi官网获取最新版本，解压并配置安装。确保mppifort和mpirun可执行文件位于/shared/openmpi_/bin目录下，相关库文件位于/shared/openmpi_/lib目录。将这些路径添加到环境变量中。

       在.bashrc文件中添加以下命令，然后重新打开终端，检查mpirun的路径。

       3. 安装Intel Math Kernel Library（MKL）：

       前往Intel官网下载MKL，选择离线版本进行下载和安装。使用终端执行相关命令进行安装。

       4. 编译与运行FDS代码：

       安装完毕后，切换到fds中的指定文件夹下进行代码编译。执行编译命令，检查预处理器变量-DWITH_MKL是否正确传递给编译器。

       5. 验证编译结果：

       创建新文件夹，将编译好的文件及任意案例复制进去，执行特定命令以确保程序成功运行，并成功利用了本机的所有线程。

       完成编译与运行后，可以进一步优化配置以提升性能。为了促进技术交流，欢迎加入“FDS开发与使用交流群”：。

MacOS下配置Rosetta安装教程

       MacOS环境被认为是学习和配置Rosetta的理想平台。

       罗塞塔下载

       罗塞塔有两种主要发布形式：正式版本（编号发布）和每周版本（周发行），由于每周版本会修复bug和新增功能，推荐下载此版本源码。

       访问：rosettacommons.org/software...

       罗塞塔安装

       最新版本的罗塞塔安装需要依赖OPENMPI和BOOST。

       1. OPENMPI编译

       openmpi下载地址

       2. 基本开发环境

       进入终端应用，输入以下命令安装基本环境。

       再次配置环境变量：

       4. 罗塞塔编译与安装

       编译多线程模式版本的罗塞塔，以下以调用4个核编译为例：将下载的罗塞塔源代码放在桌面，解压：

       再进行环境变量配置：

       修正xxx版本号，并粘贴以下信息，保存退出（输入":qw"按回车键）。

       运行编译命令：

       请耐心等待。

OpenMPI编译

       OpenMPI：开源MPI编译与使用指南

       OpenMPI是一个免费且开源的MPI实现，遵循MPI-1和MPI-2标准，由社区大力支持，适用于多种高性能计算平台，以卓越性能著称。最新版本openmpi-1.6+可从其官方网站 open-mpi.org 下载源码进行安装。

       安装OpenMPI以1.6.3为例：

       解压并进入安装目录：

        $ tar zxvf openmpi-1.6.3.tar.gz

        $ cd openmpi-1.6.3

       使用配置选项进行编译，例如使用Intel工具链：

        $ ./configure --prefix=/public/software/mpi/openmpi--intel --enable-mpirun-prefix-by-default --without-psm CC=icc CXX=icpc FC=ifort F=ifort

       执行make并安装：

        $ make -j 8 && make install

       配置环境变量，确保正确路径：

        vim /public/software/profile.d/openmpi-intel-env.sh

       安装时注意，OpenMPI会检测本地通信设备，可能需要OFED驱动支持InfiniBand网络。使用ompi_info命令检查配置信息。

       编写MPI程序时，OpenMPI提供了多种语言的编译器，如mpicc、mpicxx等。例如，C/C++代码的编译示例如下：

       $ source /public/software/profile.d/openmpi-intel-env.sh

       $ mpicc -o hello hello.c

       运行MPI程序使用mpirun命令，如启动N个进程在指定节点上运行：

       $ mpirun -np N -hostfile

       其中，-np N定义进程数量，-hostfile指定计算节点及其资源分配。

       总之，OpenMPI的安装、编译和运行都有其特定步骤，遵循这些指南，你就能在HPC平台上有效地使用OpenMPI进行并行计算。