1.如何自学入门生物信息学
2.Count值计算的几种方式，你会吗
3.Minimap2 用户手册

如何自学入门生物信息学

       自学生物信息学，首先需理解生物信息学是一个融合数学、计算机科学和生物学的领域，重点在于数据处理和分析。掌握基本生物概念，日记 源码如基因组、转录组、蛋白组等，是入门基础。对于初学者，推荐阅读《基因X》等厚实的生物学书籍，以补充基础知识。避免阅读过于陈旧的生物信息学入门书籍，这可能会浪费时间。兴趣和好奇心是学习的驱动力，了解基因科技行业动态，设立具体学习目标，如完成特定项目，或复现已有的征兵网站源码数据分析流程，都能有效提高学习效率。

       使用Google搜索是寻找学习资源的有效途径。Linux操作系统对于基因数据分析至关重要，学会基本命令如`ls`, `cd`, `mkdir`, `mv`, `cp`, `grep`, `awk`, `sed`, 和管道`|`功能，可以极大提高工作效率。Python语言因其易于学习、社区活跃、工具包丰富和数据科学应用广泛，是初学者的理想选择。C或C++语言可以进一步提升编程能力，尤其是在处理大型项目或高性能计算方面。熟悉常用的组学数据分析软件，如bwa, samtools, GATK, BEDtools等，对于构建完整数据分析流程至关重要。

       实践是生物信息学学习中的关键环节。通过在线平台如Rosalind参与生物信息题目训练，或者寻找基因科技公司的实习机会，将理论知识应用到实际问题解决中。构建完整的资料阅读源码数据分析流程，复现或构建项目，同时理解每一环节的原理，是提高技能的有效方式。统计学知识，尤其是假设检验、贝叶斯推断等，对生物信息学分析至关重要。阅读和理解优秀的组学算法源码，不仅能够精进编程和算法设计能力，还能深入理解数据分析背后的原理。

       紧跟生物信息学领域的最新发展，阅读顶级学术杂志如Cell、Nature、Science等，关注生物探索、奇点网等公众号，加入优质交流圈，参加基因组学会议，保持与行业的蓝牙广播源码紧密联系。推荐的书籍有《基因X》和《Bioinformatics with Python Cookbook》。在线课程如Coursera上的“genomic data science”系列课程提供了系统全面的学习资源。

       自学生物信息学是一个长期且深入的过程，需要持续的学习、实践和探索。关注“碱基矿工”公众号，获取更多生物信息和组学领域的最新资讯和支持。

Count值计算的几种方式，你会吗

       在转录组定量分析领域，多种软件提供不同方式来计算转录本表达量。其中，RSEM、eXpress、salmoe、kallisto、featureCounts等软件在网上的教程丰富，用户可自行学习。本教程推荐使用Stringtie -eB和featureCounts两种方法进行转录本定量分析。

       Stringtie -eB通过组装后的tk源码分析merge.gtf注释信息与.bam文件进行转录本表达量的比对，获得转录本的FPKM值。随后，使用Ballgown包进行后续分析。完成此步骤后，每个样本会生成新的.gtf文件。分析过程中，可以结合R语言中的ballgown包进行深入研究。

       Stringtie软件附带的prepDE.py程序也是获取转录本丰度的实用工具。与HISAT2+Stringtie+Ballgown组合相比，prepDE.py提供更灵活的下游分析选项，推荐在获取count值后再进行深入分析。

       featureCounts是subread软件中的脚本，用于在bam文件上进行转录本定量分析。安装方式可选使用conda或源码安装。运行时，建议使用前期使用hisat2、bowtie2、bwa或STAR等软件映射的bam文件。

       HTseq-count是另一个常用的计数软件，与featureCount功能类似。安装和运行HTseq-count软件，可以实现转录本的计数。

       对于需要将count值转换为FPKM值的用户，可以使用Perl脚本完成此转换。通过运行Perl脚本进行转换，并使用cut命令提取所需信息。常用的转换脚本为CountToFPKM.pl。

       本教程覆盖了转录组定量分析的多种方法，以及相关的软件和工具。除了上述提到的方法，还有其他流程如salmon定量分析，用户可根据需求选择合适的方法。在定量后，通常会生成gene_count_matrix.csv文件，该文件可用于后续的分析。

       在进行转录组定量分析时，确保选择合适的软件和参数，以获取准确的转录本表达量。同时，了解不同工具的优缺点，有助于提高分析的效率和准确性。

Minimap2 用户手册

       Minimap2是一个高效快速的序列比对工具，专门用于处理长读段数据，如PacBio或Oxford Nanopore基因组读取。它能够映射长读段或组装到参考基因组，并提供详细比对选项。Minimap2以PAF或SAM格式输出结果。主要功能包括：

       成对映射（默认输出格式）：PAF格式，每行至少包含个字段，用于显示映射位置。

       限制：在长低复杂性区域，可能产生次优比对，因种子位置可能不理想。

       编译要求：需要SSE2或NEON指令集，可选不支持以减慢程序速度。

       Minimap2适用于多种应用场景，如：

       映射长噪声读段，处理人类基因组等大型数据库。

       查找读段间的重叠。

       剪接感知比对，包括PacBio Iso-Seq、Nanopore cDNA或RNA数据。

       比对Illumina短读段。

       组装比对。

       两个物种的全基因组比对，差异度低于%。

       性能优势：

       处理噪声读取序列时，Minimap2的速度远超主流映射器。

       对于kb以上序列，性能显著优于BLASR、BWA-MEM、NGMLR和GMAP。

       在长读取映射上更准确，比对具有生物学意义，适合后续分析。

       对于Illumina短读取，Minimap2速度更快，准确性与BWA-MEM和Bowtie2相当。

       安装与使用：

       预编译二进制文件可从发布页面获取。

       从源代码编译需安装C编译器、GNU make和zlib开发文件。

       支持SIMD Everywhere (SIMDe)库实现移植，适用于不同SIMD指令集。

       可无缝处理gzip压缩的FASTA和FASTQ格式输入。

       构建参考数据库的最小化索引，加速映射过程。

       使用选项调整参数以优化性能和准确性。

       使用案例与参数调整：

       选择预设选项以获得最佳性能和准确性。

       映射长噪声基因组读取时，调整参数以匹配数据类型。

       映射长mRNA/cDNA读取时，使用特定选项加快比对速度，提高准确性。

       通过基因组注释优化比对过程。

       调整剪接参数以适应不同数据类型。

       高级功能与限制：

       处理>个CIGAR操作的SAM格式，可能需要选项-L将长CIGAR移动到CG标签。

       可选的cs标签编码不匹配和INDEL处的碱基信息，便于后续分析。

       Minimap2附带的paftools.js脚本用于处理PAF格式比对并提供评估工具。

       详细算法概览和开发者指南提供API文档，支持C和Python接口。

       限制在长低复杂性区域可能产生次优比对。

       总的来说，Minimap2是一个功能丰富、性能高效的序列比对工具，适用于多种大规模数据比对任务，提供灵活的参数调整以适应不同数据类型和需求。