“分子对接技术”之使用AutoDock进行半柔性对接教程

       Autodock是氢源氢源一款主要应用于执行配体—蛋白分子对接的开源软件，由Scripps研究所的码最Olson实验室开发与维护。最新版本为AutoDock 4.2.6，新版包括AutoDock和AutoGrid两个模块。评测松江汽车站到闵行开源码头软件包及工具的氢源氢源下载地址为autodock.scripps.edu/do...，支持Linux、码最Mac OS和Windows系统以及源代码。新版AutoDockTools是评测AutoDock对接的可视化程序，最新版本为MGLTools1.5.6，氢源氢源下载地址为mgltools.scripps.edu/do...。码最

       对于使用AutoDock进行半柔性对接，新版什么是源码软件以蛋白6PL1的评测晶体结构作为受体，晶体结构由PDB网站下载，氢源氢源以其原配体OOJ为分子对接的码最配体，具体操作如下：

       1. 设置工作目录及工作环境：新建一个文件夹作为工作目录，新版确保路径为英文，成都源码培训招聘将软件包及下载文件拷贝到此文件夹。

       2. 准备受体：使用pymol、VMD、Schrodinger、DS等软件导入并处理蛋白晶体结构，极星魔盒源码加氢、计算电荷，保存为6pl1_model1.pdbqt格式。

       3. 准备配体：同样使用上述软件处理配体小分子，确保氢原子、有奖小程序源码电荷及Root的添加，保存为Lig.pdbqt格式。

       4. 进行Autogrid，生成受体网格：导入受体与配体，设置对接的盒子大小、坐标、格点数、隔点距离，生成protein_ligand.gpf网格文件。

       5. 进行分子对接：设置对接受体与对接配体，选择拉马克遗传算法作为对接算法，保存为protein_ligand.dpf文件。

       6. 查看对接结果：加载对接结果，分析分子构象，如聚类、构象叠合等信息。

       以上步骤详细介绍了使用AutoDock进行半柔性对接的整个过程，具体操作可以根据软件界面提示进行。