1.在Ubuntu 22上编译安装R语言环境
2.《R语言实战》学习笔记---Chapter1.4 R包的码安安装、载入和使用
3.R语言下载及安装
4.R基础（1）：R及Rstudio的码安下载、安装
5.心理测量与R系列---1R语言安装及入门
6.R语言TCGAbiolinks安装不了？

在Ubuntu 22上编译安装R语言环境

       在Ubuntu 版本上，码安安装和配置R语言环境是码安一项细致的工作，本文将逐步指导你完成R-4.4.0的码安编译安装，以及RStudio Server和Shiny Server的码安ACCer公式源码部署。由于默认apt包管理器提供的码安R版本较低，我们首先需要检查和安装必要的码安编译工具，如gcc 和fortran编译器。码安

       在编译R-4.4.0之前，码安确保libicu和libiconv两个库需要从源码编译安装，码安因为Ubuntu 的码安libicu .1版本不足。安装过程中，码安我们还需要配置虚拟屏幕xvfb和xvnc服务，码安以便在编译时支持图形界面。码安你需要创建rc.local服务，设置DISPLAY环境变量，同时配置xvfb开机启动。

       下载R-4.4.0源码后，设置LD_LIBRARY_PATH指向从源码编译的库，并配置DISPLAY，开始编译。编译过程会生成config.log，用于检查配置是否正常。安装完成后，确认R版本的功能正确，如X、ICU和iconv支持。

       此外，还需要更新系统环境，溯源码查询真假为R软件包指定C++和C++的编译器，并为R进程设置X window屏幕。RStudio Server和Shiny Server的安装和配置分别涉及用户组设置、服务器端口、图形选项和自启动服务。RStudio Server的用户登录和权限管理也很重要。

       安装Shiny Server时，要确保R包的正确路径，允许用户自行发布应用程序。在Ubuntu 上添加中文支持是必不可少的，包括安装中文字库、字体和配置R语言环境以支持中文。

       最后，我们探讨了R语言的深度学习环境，包括使用Tensorflow+Keras调用Python后端和原生R torch。这包括了软件包安装、Python路径设置、GPU环境的配置，以及在RStudio中运行Python和R torch示例，展示了如何在GPU上优化性能。

       总的来说，这篇文章详细介绍了在Ubuntu 环境中定制安装R语言环境，包括R、RStudio Server、Shiny Server的配置，以及深度学习环境的搭建，为用户提供了一个完整且实用的指南。

《R语言实战》学习笔记---Chapter1.4 R包的安装、载入和使用

       包在R语言中是咪哞社区源码用于组织和管理代码的集合。它们提供了实现特定任务的函数和数据集。包的安装是使用install.packages()函数完成的，其中无参数调用将显示CRAN镜像站点列表，而指定包名作为参数则可下载并安装特定的包，如"pkgname"，只需安装一次。已安装的包可通过update.packages()更新，而installed.packages()用于查看已安装的包信息。使用library(pkgname)或require(pkgname)语句来加载已安装的包。

       对于需要进行生物信息学分析的用户，Bioconductor仓库提供了大量相关包，可通过搜索在该网站上直接获取。要访问这个仓库，首先需要安装BiocManager包，通过install.packages("BiocManager")实现。然后，可以使用BiocManager::install("org.Hs.eg.db")命令安装特定的包，用于生物信息学中的ID转换等任务。查看包的帮助文档通常使用BiocManager库中的命令，例如vignette("DESeq2")。

       对于在GitHub站点上发布的包，R提供了一个名为devtools的包，可通过install.packages("devtools")进行安装。安装过程中可能需要解决依赖问题，这可能包括安装Rtools，用于编译某些源码包。完成devtools的安装后，就可以使用它来安装GitHub上的包，例如velocyto.R，神马tv版源码用于RNA速率分析。实现包的下载和安装涉及多个步骤，可能需要多次尝试才能成功。

R语言下载及安装

       R语言简介

       R语言是一种用于统计分析、绘图的编程语言和环境。它是GNU系统下的一个自由、开放源代码的软件，专为统计计算和图形展示设计。R集数据处理、计算和可视化于一体，提供了强大的数据分析工具和图形功能，同时拥有一个简洁、高效的编程语言。

       R语言下载

       访问R官网下载页面，根据操作系统选择对应的R版本进行下载。确保网络连接正常，下载后进行安装。

       R语言安装

       安装过程中可能遇到一些问题。对于R版本低于4.3的情况，需先删除原有安装，然后按照R官网提供的更新说明操作，执行特定命令以升级到最新版本。若遇到缺失的依赖库，如libssl1.0.0、libssl1.0.2、liblibssl1.1等，需通过命令行安装相应的库。完成安装后，通过命令行验证是http代理验证源码否成功安装。

       Rstudio server下载及安装

       下载并安装Rstudio server。可能在安装过程中遇到问题，参照安装文档解决。确保网络环境支持SSH服务。使用ifconfig命令检查虚拟机的IP地址，并通过宿主机的cmd工具ping该IP地址，以确保网络可达。若SSH服务未启动，使用sudo apt install openssh-server命令安装，然后启动服务。

       使用ssh工具连接宿主机的IP地址，通过浏览器访问.0.0.1:，进入Rstudio server界面。使用mkdir命令创建文件夹，并通过scp工具将文件传输至Rstudio server的指定位置。确保传输操作成功。

R基础（1）：R及Rstudio的下载、安装

       本文将引导你踏上R语言和RStudio的下载、安装之旅。首先，R并非只是一个软件，而是专为统计分析和绘图设计的强大工具，源自年左右的S语言分支。

       S语言最初由AT&T贝尔实验室开发，商业软件S-PLUS是其衍生物，后来R系统由新西兰奥克兰大学的Robert Gentleman和Ross Ihaka等人创建，由R开发核心团队维护。CRAN，即Comprehensive R Archive Network，是R的官方资源库，包含R软件、源代码和用户编写的软件包，全球有多个镜像站点以提高下载速度。

       安装R，访问Comprehensive R Archive Network，选择适合你的系统（Linux、Mac或Windows），按照指示进行。而对于R的强大伴侣RStudio，它并非数据恢复工具，而是R的集成开发环境（IDE），优化了R的编写体验。

       下载RStudio，你可以访问Download RStudio，选择适合的版本下载并安装。但需注意，RStudio需安装在英文根目录下，以避免打开白屏问题。现在，你已经为R语言学习铺平了道路，接下来我们将探索RStudio的操作界面和常用功能。

心理测量与R系列---1R语言安装及入门

       R语言是用于统计分析、绘图的编程语言和环境，它是自由、免费、源代码开放的软件，能提供强大统计功能。

       安装R语言，建议从R官网下载最新版本，并选择国内镜像以提高下载速度。官网提供软件下载、操作手册等资源，助你快速上手。

       RStudio集成开发环境是使用R语言的理想工具，其功能丰富、操作简便。学习R语言首先需熟悉Rstudio界面，该界面分为四个主要模块，帮助你高效编程。

       RStudio内常用快捷键，能显著提高编码效率。安装R包可通过官网下载压缩包或使用代码，推荐使用后者。

       确保R环境配置正确，包括安装新包、管理已安装的包、设置工作路径等。这样能确保数据操作的顺利进行。

       在编写数据分析代码前，清理内存、设置工作目录、加载所需R包是基本步骤。这样能确保程序执行无误。

       使用赋值语句为变量赋值，添加注释使用“#”，快捷注释与取消注释则通过Ctrl+Shift+c实现。

       基本运算包括加、减、乘、除、幂、整除和取余，以及比较、逻辑运算。

       数据类型有数值型（整数、浮点）、逻辑型（TRUE/FALSE）、字符型（引号内的字符），NA表示缺失值，NULL表示空值，NaN表示非数，Inf表示无穷。

       遇到警告和错误不必慌张，它们常揭示问题所在，是技能提升的契机。理解并解决它们能显著提高编程能力。

       掌握数据结构知识，如向量、矩阵、数据框、列表和因子，能帮助你更有效地处理数据。向量可存储单一类型数据，矩阵与数据框则适用于不同数据类型的组合。

       使用向量、矩阵和数据框进行数据操作时，了解它们的特性尤为重要。列表用于组合不同类型的数据，因子则用于正确识别分类数据。

R语言TCGAbiolinks安装不了？

       å¦‚果你在安装R包 "TCGAbiolinks" 时遇到问题，这可能是由于多种原因造成的。以下是一些可能的问题和相应的解决方案：

       1. **首先确认你的R版本**:

       "TCGAbiolinks" 可能需要较新版本的R。查看包的CRAN页面或GitHub页面了解它需要的最低R版本，并确保你的R版本满足这一要求。

       2. **安装最新版本的Bioconductor**:

       "TCGAbiolinks" 是Bioconductor的一部分，确保你安装了最新版本的Bioconductor。你可以使用以下代码来安装Bioconductor：

       ```R

       if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))

       install.packages("BiocManager")

       BiocManager::install(version = "3.") # 注意替换为最新的Bioconductor版本

       ```

       3. **直接从Bioconductor安装TCGAbiolinks**:

       ä½¿ç”¨Bioconductor的安装方法来安装 "TCGAbiolinks" 包：

       ```R

       BiocManager::install("TCGAbiolinks")

       ```

       4. **检查依赖包**:

       "TCGAbiolinks" 可能有一些依赖包，有些依赖包可能也很难安装。检查安装过程中的错误信息，看看是否有特定的包导致问题，并尝试单独安装那些包。

       5. **安装开发版本**:

       å¦‚果正式版本的 "TCGAbiolinks" 安装失败，你可以尝试安装它的开发版本。通常位于GitHub上：

       ```R

       BiocManager::install("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks")

       ```

       æ³¨æ„ï¼Œä½¿ç”¨å¼€å‘版本可能会引入不稳定性。

       6. **检查操作系统的依赖**:

       æœ‰äº›æ—¶å€™ï¼Œç‰¹åˆ«æ˜¯åœ¨Linux系统上，某些R包可能需要操作系统层面的依赖。检查是否所有必要的系统库都已安装。

       7. **查看错误信息**:

       å¦‚果安装失败，详细的错误信息将是解决问题的关键所在。在R的控制台中检查错误信息可以提供更多线索。

       8. **检查网络问题**:

       å¦‚果是网络问题导致无法安装，尝试更换网络环境或使用代理。

       9. **手动下载包**:

       æœ‰æ—¶ç›´æŽ¥ä»ŽBioconductor或CRAN的网站上手动下载包的源码，并尝试在R中本地安装也是一个选项。

       å¦‚果在尝试了上述解决方案之后仍然无法解决问题，建议你可以在R的控制台里提供的错误信息中寻找更具体的线索，或者在Stack Overflow、Bioconductor的支持论坛或者是 "TCGAbiolinks" 的GitHub issues页面上寻求帮助，通常会有更多的专家和开发者可以提供帮助。记得在寻求帮助时提供尽可能详细的错误信息和你的会话信息（使用 `sessionInfo()` 函数）。

生信中的R包该怎么安装？

       在生物信息学领域深入学习，R语言的掌握是不可或缺的。R语言作为统计分析、可视化、数据挖掘和机器学习的常用工具，其开源特性使得它在生信分析中扮演重要角色。为了有效利用R语言，理解并安装R包是关键一步。

       R包是R语言中功能模块化的集合，包含R代码、相关文档、示例和测试数据等。它们为生信分析提供了丰富的工具。主要分为四类：

       基础R包，如base、datasets等，包含许多内置函数和数据集，无需额外下载。

       高级可视化包，如ggplot2、ggpubr等，用于创建专业级图表。

       统计分析与机器学习包，如survival、glmnet等，处理复杂的数据分析任务。

       Bioconductor，一个专门针对生物信息学的R包集合，提供数据库查询和生物数据处理工具。

       安装R包主要有四种方式：

       安装普通R包，使用install.packages()函数，或通过菜单栏的Tools>Install Packages，输入包名。可能需要检查包名、R版本及镜像源。

       Bioconductor包需要在Bioconductor官网查找对应的安装命令，如limma包。

       从Github等源代码仓库安装，需要借助devtools包。

       从下载的tar.gz安装包在本地进行安装，确保路径无中文字符。

       请注意，所有内容首次发布于“挑圈联靠”微信公众号（解螺旋生信频道），如需引用请注明来源：解螺旋·临床医生科研成长平台。

R语言的安装

       ä»¥ä¸‹ç®€è¿°R FOR WINDOWS的安装和使用：

       ä¸‹å¯ä»¥æ‰¾åˆ°R的各个版本的安装程序和源代码。点击进入：Windows ( and later)，再点击：base，下载SetupR.exe，约兆，此便是R FOR WINDOWS的安装程序。双击SetupR.exe，按照提示一步步安装即可。

       å®‰è£…完成后，程序会创建R程序组并在桌面上创建R主程序的快捷方式（也可以在安装过程中选择不要创建）。通过快捷方式运行R，便可调出R的主窗口。

       ç±»ä¼¼äºŽè®¸å¤šä»¥ç¼–程方式为主要工作方式的软件，R的界面简单而朴素，只有不多的几个菜单和快捷按钮。快捷按钮下面的窗口便是命令输入窗口，它也是部分运算结果的输出窗口，有些运算结果则会输出在新建的窗口中。

       ä¸»çª—口上方的一些文字是刚运行R时出现的一些说明和指引。文字下的：> 符号便是R的命令提示符，在其后可输出命令；>后的矩形是光标。R一般是采用交互方式工作的，在命令提示符后输入命令，回车后便会输出结果。

       åœ¨R朴素的界面下，是丰富而复杂的运算功能。